民主主義國家的基本運作方式是由背負民意的議會（＝政治家）生成國家制度（＝法律），然後把法律交給公務機關（＝官僚）執行。

日本的國家運作方式就是由議會生成法律，然後讓公務員執行。這個過程表面上符合民主主義的精神，不過骨子裡卻不單純。

日本的議會雖然獨佔了立法權，不過現在每年日本國會通過的法律中，只有2～3成是議員直接立法，其餘7～8成的法律是由內閣設計法案，然後向國會提出，再由國會通過後成立。這種由內閣提出的法律叫「閣法」。

日本的內閣閣僚大多是由國會議員擔任。不過內閣向國會提出的法律不是由這些閣僚議員設計，而是由各中央機關本部的專業文官設計。

這些設計法律的文官是通過了競爭非常激列的國家公務員綜合職（高等文官）考試後，被中央機關採用的人。日本的各中央機關在招收新進人員時，會把公務員考試名列前茅的人留在東京霞が関的本部，其他人則派到地方的分部任職。能考過國家公務員綜合職考試的人已經是相當優秀的人，能留在本部的人當然更是菁英中的菁英。這些留在本部的人大半是東大或京大法學部畢業，而且很多人在學生時代就考過了國家公務員考試，是全日本頭腦最好的菁英集團。這些文官設計的法律當然比議員立法的品質好。

日本的首相及其他閣僚都是民選政治家，如果這些人在選舉時得不到選票，就會失業。沒有選舉的時候，閣僚也可能因為政局的關係下台。不過這對日本的國家影響有限，因為日本的國家政策和主要法律是由官僚設計。這些官僚是身分受到保障的公務員，只要沒有出狀況，基本上都可以做20年以上。所以日本的首相換人、內閣改組，各個領域的政策還是由同一批文官控制。

從政的人都有自己的政治理想，爬到政界高層的政治家都有一定的政治智慧。這樣的人如果進入了內閣，甚至當上首相，當然會想實現自己的政治抱負。不過這並不容易。因為日本的國家制度非常複雜，各種制度環環相扣，而且有些規則是明治時代留下來的。更改制度或設計新制度，都會牽動很多舊有的規則。如果處理不慎，規則會出現大漏洞。資深的國會議員雖然有很多審查法案的經驗，而且會花時間研究政策，但是政治家也要花時間服務選民。由於政治家的時間有限，無法全力研究政策，所以不可能通曉所有的事物。結果在日本真正精通政策和法律的就只有專業的高等文官而已。所以政治家要推動新政策、設計新法案時，都要徵詢官僚的意見。

日本的首相和大臣是官僚的上司。由這些資深政治家指揮文官，讓文官設計出內容嚴謹而且符合民意期待的法案，似乎很理想。不過由於日本的官僚太聰明，而且太專業，所以首相和大臣在徵詢官僚意見時，實質上的政策主導者會變成官僚。

「官僚主導」的問題是官僚沒有民意基礎。官僚的理念就算和民意脫節，官僚還是可以繼續當官僚，繼續主導政策。這樣政策就可能不符民意期待。日本的官僚每天有做不完的工作，經常要加班到凌晨，而且業務內容非常複雜。國家推動新政策，實質上就是在增加他們的負擔，所以官僚在設計政策時會傾向設計利己的制度來幫自己省麻煩、減輕自己的工作負擔。另外，官僚為了升官，在主導政策時會鞏固自己機關的門戶利益來討好上司。結果官僚主導國家政策的時間越長，狀況就會變質成「官僚無視國家利益，只顧自己所屬的省廳利益」、「官僚辦事方便，民眾辦事非常不方便」。結果官僚的裁量權限會越來越大，大家辦事時全部要看官僚的臉色。

舉例來說，日本的財務省的門戶利益是增稅。如果稅收增加，財務省的權力籌碼就會增加，其他省廳為了預算會來巴結財務省。財務省希望稅收增加，不過政治家不敢隨便增稅，因為增稅會引發民眾反感，也可能讓經濟發展萎縮。如果有年輕財務官僚在設計政策時有辦法誘導政治家實施增稅，這個官僚以後就會平步青雲，因為他有能力讓財務省受益。

日本的菁英官僚到40多歲至少都可以當上課長，不過當上課長後，就沒有那麼順利了，因為課長以上的職位不多了。超過40歲後半如果無法順利升遷，照慣例要辭職。官僚辭職可以確保組織的金字塔型權威構造。所屬的機關會幫這些辭職的官僚介紹工作。例如財務省官僚會到銀行當高階主管，厚生勞働省的官僚則是到藥廠當高階主管，文部科學省的官僚則是到大學當高階行政人員或教授。銀行平時要看財務省臉色，所以如果有資深的財務省官僚來當主管，銀行和財務省往來時就會比較方便。藥廠開發新藥或讓新藥上市要通過厚生勞働省這一關，如果公司裡的主管是退休的資深官僚，行事就會比較方便。同樣地，大學申請補助金時也要討好文部科學省。所以這些民間機構為了將來行事方便，必須騰出高階職位給離職的官僚。退休的官僚不但有退休金可拿，還可以在新職場領高階主管的薪水。退休官僚雖然不會因此致富，但是這種利益交換會造成社會不公，也會佔掉本來應該是由民間人升遷時擔任的職位。

由於「官僚主導」違反民主主義精神，而且對日本社會有不良影響，所以日本政界在1993年開始摸索「政治主導」的方法。不過推動「政治主導」非常不容易，因為這會侵蝕官僚的利益，會得罪官僚。政治家如果得不到官僚協助，就無法設計適切的法律，當然也無法推動新政策。

日本雖然有法官、檢察官、律師等法律專家，但是他們只知道怎麼解讀法律，他們沒有立法的知識。設計法律要有很多政策知識。在日本，只有中央機關的菁英官僚才有專業的立法知識。因為這些人從22歲任職開始，就一直在中央機關學設計政策的方法，然後花很多時間熟悉法律制度的構造。這些全日本頭腦頂尖的人歷練到了30多歲時，就有能力設計嚴謹的法案。

由於菁英官僚實在太優秀，而且獨佔了立法技術，所以日本的官僚會看不起政治家。日本的首相和大臣表面上是官僚的最高長官，但是在官僚眼中，首相和大臣只是暫時來中央機關做客的「名譽主管」而已。官僚真正的長官是自己省廳內的官僚前輩。內閣的政治家和中央機關的官僚表面上看起來在一起工作，其實兩者的關係並沒有那麼好。如果政治家要改革官僚制度，官僚為了保住自己的利益，會設法讓政權垮台。

對有心改革制度的政治家而言，官界最大的改革障礙是財務省。財務省是菁英當中的最高菁英組織，他們掌握了非常多的金錢資訊。如果政權得罪了財務省，財務省只要設法把閣僚的資金處理缺失透露給在野黨或媒體，就可以讓政權垮台。舉例來說，2006、2007年的第一次安倍內閣就曾經想杜絕財務省官員辭職後到民間當高階主管的惡習，結果之後安倍政權就接連發生閣僚的資金醜聞。一次安倍內閣實質上就因此垮台。

2009年，民主黨取得政權時，也很想改革國家制度，讓背負民意的政治家來主導政策。當時的首相鳩山由紀夫以為當上首相可以掌握很多國家資訊。不過現實中，首相一到首相官邸上班就會被大群官僚包圍，因為各中央機關的官僚要對首相做會議前的預習報告。由於官僚可以自由發揮，而且首相完全沒有自己的思考時間，所以首相會在不知不覺中會被官僚巧妙的論述洗腦，實質上最後會聽命於官僚。鳩山由紀夫事後回憶當首相的經驗時，最強烈的感受就是「孤獨」。民主黨在剛取得政權時，非常露骨地敵視官僚。不過民主黨和官僚打交道的經驗不足，結果之後的野田佳彥首相實質上也被官僚洗腦，照著官僚的意見施政。

2012年，第二次安倍政權上任時，就記取自己以及前人的失敗教訓，不敢貿然直接挑戰官僚體系。安倍聘用了多名各領域的外部人才擔任內閣官房參與，來防止官僚的洗腦攻勢。安倍政權一方面要削減官僚利益，另一方面不能得罪官僚，而且還要借重官僚的力量改革，這需要非常高度的政治操作技術。

日本各中央機關的人事權本來是由該機關的大臣掌握，不過由於政權不敢得罪官僚，所以官僚的人事實質上是由官僚自己決定，大臣只是形式上承認人事案而已。不過2014年日本成立了內閣人事局後，高階官僚的人事由內閣人事局掌管。內閣人事局也負責調查退休官僚的就業狀況，避免官界和民間交換利益。這個措施多少削弱了官僚的既得利益。不過這並不代表日本的官僚受到政界壓制，官僚還是一樣相當有力量，依然有能力讓政權垮台。現在的日本內閣還是不敢得罪官僚，只是不會像以前一樣完全受制於官僚而已。日本的政界和官界實質上是在緊張關係下共事。

2017年，日本發生了森友學園的國有地交易醜聞事件。這個事件的本質是財務省的職員要處理背景相當複雜的國有地，而且非常不巧，遇到的交易對象是個喜歡利用政要關係狐假虎威的難纏人物。職員為了省麻煩，結果處理過程中發生了瑕疵。之後，事件被媒體炒作得越來越大，甚至引發了財務省篡改公文的問題。

有些媒體影射這個問題是安倍利用首相權力圖利特定人士，甚至施壓讓財務省篡改公文中對自己不利的內容。其實這種影射只是反映了某些媒體的「願望」而已。現實中，安倍曾經吃過財務省的虧，多少對財務省抱有恐懼感。如果安倍為了私人利益指使財務省篡改公文，反而會給財務省拉下安倍政權的最佳材料。結果財務省篡改公文的原因可能就只是財務省的某些主管自己想向政權示好而已。

很多媒體想在這個事件中看熱鬧，甚至想看安倍政權的醜態。安倍政權雖然確實受到了打擊，不過政權方面應該早就預見財務省的問題遲早會爆。篡改公文的問題大家也早就看在眼裡。在媒體炒作之前，政界和官界可能早在幾個月前就各自擬好危機管理的方法，只有財務省的低階職員成了犧牲者。媒體報導的內容其實是政界和官界照著各自危機管理劇本演的戲而已。