日本的河童傳說主要是由古代村落附近的水邊發生的不熟悉的怪現象，加上村民在水邊看到不熟悉的野生動物，以及一些來自大陸的水神、水妖傳說的聯想所構成。古時候日本人之所以把河童定位成妖怪而非野生動物，主要是因為河童和怪現象有關，而且河童有類似人的特質，懂得人類的語言。

在日本的傳說中，河童會把在水邊活動人以及家畜 (特別是馬) 拖下水。把人或是馬拖下水的目的是為了拿「しりこだま」。しりこだま，指的是位於肛門裡的一種球狀的東西，是古時候科學不發達時的想像的東西。這種東西可以解釋成元神，當人或是動物的しりこだま被河童拿掉的話，就會虛脫。也有些傳說指出，河童拔掉しりこだま後，會開始吃內臟。其實這一類傳說可能是源自古時候的人或是動物因為不慎溺水死亡，肛門括約肌因為死後變化而鬆開，內臟可能是被其他動物吃掉。由於古時候的人由於沒有現代的科學知識，所以就把這種異常現象解釋成河童抽走了しりこだま，或是吃了內臟。

由於有這種河童抽取しりこだま的傳說，因此日本也發展出了河童會在人如廁時摸人的屁股的傳說。

這一類傳說再發展下去，就是河童的手被切斷的傳說。有些傳說是人在如廁時河童伸手摸屁股，被摸的人一氣之下，可能自己拿出刀子或是找人拿刀子把廁所裡的「怪手」砍斷。也有些傳說是河童想把馬匹拖下水，馬匹在掙扎時被馬匹的主人發現，於是馬匹的主人就把河童的手打斷。

河童的手被人切斷了之後，就向人類求情，想要回自己的手。在這種傳說的設定中，河童擁有功效非常強的傷藥，而河童的手斷了之後，仍然可以自由活動，只要在幾天之內把手接回身體，然後塗上河童的傷藥，就可以完全回復。在這種傳說中，人類會要求河童今後不要再惡作劇，河童答應之後，人就原諒河童，把切下來的手還給河童。河童為了感謝人，就定期送魚給人 (河童是捕魚高手)。也有些傳說是河童把傷藥的配方送給人，而得到這個配方的人就靠河童的傷藥行醫助人。

由於有這種河童藥的傳說，因此以前日本有許多私人的祖傳藥會打著河童藥的名號販賣。不過後來日本制定了藥事法之後，不符合日本藥局方的規格的祖傳藥全部都不得以藥品的名義販賣，這種賣河童藥的文化也就消失了。

1965年，日本漫畫家水木しげる在貸本漫畫《忍法秘話》中也畫了一部有關河童藥的短篇作品〈ろくでなし〉。這部短篇作品的設定是河童頭上的盤子可以製成傷藥，故事的主角就是採集河童的盤子的人。這部短篇漫畫中的河童是一種非常善良生物，如果看到有人溺水，就會去救人。救了人之後還會熱情地招待人。然而，河童頭上的盤子的採集方法是用酒把河童灌醉，等河童醉倒之後，用刀子把河童頭上的盤子割下來。這個結果就是會要了河童的命。這部短篇漫畫就是在描述主角在人情和工作之間的矛盾與掙扎。

水木しげる本身是靠妖怪漫畫走紅，現代日本人對妖怪的形態認知多少有受到水木しげる的漫畫的影響。〈ろくでなし〉這部短篇漫畫中的河童非常善良、有人情味，可以和人溝通，這個設定繼承了水木しげる的另一部漫畫《河童の三平》的河童性格。至於河童頭上的盤子可以製成傷藥的設定則是故事的原創設定，不過這種設定的背景是受了民俗傳說中的河童藥的影響。除了河童藥以外，水木しげる把河童描述成一種笨拙的失敗者：救了溺水的人，而且還請對方吃飯，結果自己全家被灌醉，頭上的盤子被割去當藥材，當然命也沒了。

在日本傳統的民俗傳說中，河童雖然有把人畜拖入河中的恐怖的一面，但是也有不少關於河童笨拙失敗的傳說。例如河童在陸上和人比相撲，河童一行禮，頭上盤中的水就潑了出來，結果力量變小，相撲輸給人。又例如上述的河童在廁所惡作劇不成功，結果被人砍斷手，又或是想把馬拖到河裡不成功，結果被人打斷手的傳說，也是一種典型的笨拙失敗的例子。水木しげる把河童描述成一種笨拙的失敗者，其實多少也呼應了民俗傳說中的河童笨拙失敗的部分。

雖然水木しげる在〈ろくでなし〉這部短篇漫畫中把河童塑造成笨拙而且失敗的形象，不過這種表現手法並不是在批判河童，而是在批判為了錢而失去人性的狡詐的人類。〈ろくでなし〉中的主角其實也是一個笨拙的失敗者，因為有良心，無法欺騙河童，所以採不到河童的盤子，結果被藥店開除，回到家後又被妻子數落。在這部短篇作品中，主角表面上一無是處，不過看清人世一切的養生所的醫生卻給他最健全的評價。至於主角的妻子、藥店老闆，以及騙殺河童的藥店員工這些金錢奴隸就顯得非常醜陋難看。

水木しげる的〈ろくでなし〉就某種意義而言算是繼承了芥川龍之介的小說《河童》，以河童為寓言題材批判現代社會的作品。