日本的「古墳時代」大約是在三世紀後半到七世紀末這段期間。由於這段期間留下的歷史文獻很少，所以這段期間的歷史要從古墳的內容來理解。

日本的古墳數量非常多。有些資料指出全日本有16萬座以上的古墳。甚至還有20萬、百萬的假說。從古墳的數量來看，日本似乎有十幾二十萬，甚至上百萬個考古學材料。不過三世紀後半到七世紀末不過450年。如果每天都有一個人下葬的話，450年間可以下葬超過16萬人。450年間要出現16萬個對日本史有重大影響的人並不容易，所以16萬個古墳當中，大部分都是平凡人的墳墓。

由於研究古墳要花錢，而且開挖之前要向政府申請，所以16萬座古墳不可能全部變成考古學的材料。日本的考古學家是從16萬座古墳中選一些看起來比較重要的古墳來開挖研究。

在考古學家眼中，古墳越大，就究價值就越高。其中最有價值的是前方後圓墳。因為前方後圓墳是大和時代政權統一的象徵。只要某個地方有前方後圓墳，就表示當時的大和政權的勢力範圍已經達到該處。全日本還沒發現前方後圓墳的都道府縣只有北海道、青森縣、秋田縣、沖繩縣四個地方而已。所以可以推測古墳時代結束時，大和政權已經支配了日本大部分的區域。

日本地圖。由於篇幅的關係，這個地圖沒有納入沖繩縣，北海道、青森縣、秋田縣有塗顏色。剩下沒有塗色的地方就是有「前方後圓墳」的地區。從這個地圖可以得知，大和政權的勢力範圍涵蓋了日本大部分的地區。

　
前方後圓墳的立體圖。從前方後圓墳的正上方向下看，前方後圓墳的形狀就像鑰匙孔一樣。日本的古墳是一層一層的。在這個圖中，前方部和後圓部的交界處有一個多出來的不對稱小平台，這個小平台叫作「造出」，是用來舉行祭祀儀式的地方。由於日本很多前方後圓墳周圍都設有【周濠】（護墳河），所以舉行祀祭儀式時必須搭船越過周濠才能到達「造出」。

由於古墳是墳墓，所以內部會有被葬者。前方後圓墳的死者是葬在「後圓」的部分，下葬的方式會時代而變。

早期的古墳通常是在墓的中央（前方後圓墳是在後圓部分的中央）挖一個洞，設一個石室，然後把死者的棺材放到石室中，再把這個石室填起來 (豎穴式石室)。古墳時代後期，朝鮮半島的大陸式橫穴式石室葬法傳入日本。有些古墳就變成從旁邊挖一個洞，直通到中央部分的下方, 然後闢一個石室，放入棺材和陪葬品，然後再把旁邊的入口封起來。

「豎穴式石室」和「橫穴式石室」的差異是：「豎穴式石室」在下葬後就永遠封閉。「橫穴式石室」還可以進行追葬。例如死者的家人過世之後，只要把入口處挖開，就可以把新的往生者的棺材抬到石室裡。所以日本的古墳裡不但真的有古人，而且有些古墳裡面還不只一個人（家族墓）。

講到這裡，可能又有人會有疑問：日本最大的古墳「仁德天皇陵」裡面真的有古時候的天皇嗎？

在2009年現在這個時間點上，答案是「不知道」。

目前日本古墳研究中最大的謎團就是天皇陵。日本的天皇陵是由日本的宮內廳管轄，由於宮內廳原則上不准學者對天皇陵進行考古研究，所以沒有人知道天皇陵（包括仁德天皇陵）的裡面是不是真的有天皇的遺體。「天皇陵」並不是由考古研究認證，而是某些歷史文獻認為某個古墳可能是天皇的陵墓，宮內廳就把古墳當成天皇陵。

由於古代文獻中很多內容是來自口耳相傳記錄下的結果。所以文獻並不精確。所以宮內廳認定某座古墳是某個天皇的陵墓，並不代表那就是真理。由於沒有人知道「仁德天皇陵」是否真的是仁德天皇的墳墓，所以日本的學界已經不用「仁德天皇陵」這個詞，而是改稱「大仙陵」或「大仙古墳」。如果「大仙古墳」申請世界遺產成功的話，大仙古墳的管轄權可能會變，學術界就有可能解開謎團了。