日本的新古書店賣的書多半是比較新的書籍，只要書籍的出版時間愈新、保存狀態愈好，書就愈貴，不過這裡所謂的「貴」指的是接近一般書店的新書價錢。事實上，由於新古書店的的賣點就是書價比一般新書書店便宜，因此再怎麼貴也不致於貴到和新書一樣。

日本另外一種形態的二手書店則是「古書店」。這種書店所賣的書通常都有一定的年分。大體而言，「新古書店」所賣的書是愈新的書愈貴，而「古書店」賣書的方式則正好相反，是愈舊的書愈貴 (當然，嚴格來說，決定書籍價格的因素除了出版的年代以外也要考慮書籍的稀少性)。

日本最著名古書店集中地是東京神田神保町的「神田古書店街」，這個區域幾乎可以說是整條街上都是書店 (有古書店也有新書店)。一般的新書書店只要營業規模相近的話，所賣的書其實都是大同小異，尤其是大眾雜誌、新書，幾乎都是每家新書書店都買得到。而神保町的各個古書店的魅力是在於這裡可以找到一般書店買不到的舊書、絕版書，而且每間古書店都有他們的專長，例如有些店家專門賣文學類的書，有些店家專門賣藝術類的書，有些店家則專門賣自然科學方面的書。這家書店所賣的書可能整條街上只有這家書店才買得到，甚至可能全日本只有這家書店才能買得到。因此，對於一些在進行專門領域研究的人而言，神保町的古書店群無疑是一個收集資料的大寶庫。

三省堂書店。日本的大型書店之一的三省堂書店的總部就是設在神田神保町。

　
神田古書店街。這個地帶由於專業的古書店非常多，算是一個資料的大寶庫，因此有不少人會來神保町這裡「尋寶」。

古書店門口陳列的書籍。照片中堆起來的書就成套販賣的系列書。專業古書店的另一個吸引人的地方是在於這些店家對於一些書籍的收集以及整理能力強，這些古書店有辦法將一般書店無法湊齊的系列書籍湊齊之後成套販賣，對於一些一次想收集完整一套系列書的人而言，到古書店尋寶可能會有意外收穫。

日本的神田古書店街雖然在世界上有一定的知名度，然而這裡並不算是一個觀光地。會到這裡逛書店的人通常是找資料的學生或是喜歡讀書的人，也有可能是一些喜歡鑽研某個特別領域知識的人。對於不了解舊書的價值的人而言，舊書不過是一堆破舊甚至發霉的廢紙堆而已。然而對於知道書本價值的人而言，舊書的意義就完全不同了。特別是當一般新書店或是圖書館的書的資訊無法滿足這些人時，古書店就是他們的尋寶的地點。而且由於神田古書店街的各個店家都有各自的專長，只要找對書店，就等於找到了比一般書店或是圖書館還要專業的資料庫。

對於部分自然科學背景的人而言，舊書可能是一種落伍資訊的象徵，例如在某些領域中，一本專業書如果出版超過五年，參考價值可能就大打折扣了，畢竟五年間可能會發展出許多新的理論或技術，而一些舊的假說也可能遭到推翻。然而對於想要了解以前的某個領域發展狀況的人而言，當時所出版的書籍或是雜誌反而是最有用的東西，畢竟裡面的資訊甚至廣告都充分反映了那個時代的狀況。

而在人文科學的領域中，古書店中舊書當然是重要的參考資料。目前網路上的資訊安定度低，沒有人能保證哪個網站在十年後仍然能維持營運。而且網路上的種種資訊多半是1990年代後半才開始累積的。如果要研究1990年前半甚至更早的東西，網路上的資訊頂多只能提供「點」的資訊而已，而偏門的東西則連「點」都沒有。唯有書本 (特別是當時的出版品) 才能提供一整個「面」的系統化觀念及知識。而這些書往往新書店中找不到，而一般地方圖書館的藏書則可能不夠齊全，在這種情況之下，專業古書店的價值就會變得格外顯眼。