日本的赤軍組織源於新左翼組織「共產主義者同盟」的赤軍派。共產主義者同盟赤軍派成立於1969年9月4日，是共產主義者同盟當中最激進的派系。

赤軍派的成立宗旨是成立武裝部隊，在各地發起武裝革命來改變世界。把決戰設定在70年安保鬥爭。

赤軍派最早的作戰計畫是在大阪和東京發動「大阪戰爭」和「東京戰爭」。

大阪戰爭的計畫是在用汽油彈襲擊各個警察署和派出所，一方面可以分散警力，還可以搶武器。然後在大阪的靠打零工維生的人密集區域地愛隣地區發動革命。

不過大阪戰爭計畫在事前就被警察發覺，一堆成員被警察逮捕。之後只有少數成員對幾個派出所丟了汽油彈而已。結果派出所本身的損失並不大，警察當場逮捕了丟汽油彈的成員。

至於東京戰爭的計畫則是在日大全共鬥抗爭活動同時，用汽油彈襲擊東京的各個警察署，搶武器之後，在後樂園競輪場（現在的東京巨蛋）發起革命。
（※關於日大全共鬥，可以參考本站的「日本的學生運動(5)」這篇文章）

不過當時由於警察戒備森嚴，赤軍成員找不到機會攻擊各個警察據點，所以就只是對東大附近的本富士警察署丟了汽油彈告終。結果警察署的損失也不大，警察當場逮捕了丟汽油彈的成員，之後也查出其他活動成員。

為什麼赤軍派要發動大阪戰爭和東京戰爭呢？

當時赤運派打算在利用大阪戰爭取得武器，然後用這些武器攻陷東京。只要殺掉政府高官，革命就可以成功。

在這些年輕人的世界觀中，政府就像是以古代王權的獨裁國家。他們以為除掉首領之後，國家組織就會自動崩壞。事實上，現代國家制度沒有那麼單純。在非獨裁國家中，政府政策並不是由一兩個人決定，而是在嚴密的合議制度中產生。即使少了一兩名重要官員，國家還是一樣可以產生政策，還是會繼續自律運作。

也就是說，這些年輕人的革命夢想其實和現實的日本社會完全脫節。

1969年10月，赤軍派又計畫襲擊首相官邸和警視廳。警察方面在事前掌握了赤軍想要攻擊首相官邸和警視廳的消息，但是不知道赤軍要怎麼實行。

赤軍派打算在山梨縣塩山市（現在的甲州市）的大菩薩峠附近對成員實施軍事訓練，把成員訓練成精銳部隊。甚至還準備了衝入首相官邸用的砂石車。赤軍成員先在各地集合準備，然後再上山。

當時千葉縣警察在監控千葉方面的赤軍成員時，發現有十幾名赤軍成員在11月3日清晨兩點左右進入西千葉車站前的一間大樓。到了早上七點多，每隔十幾二十分鐘，就有一名穿著登山服裝的少年走出大樓。行動非常可疑。於是警察就開始跟監，追到了大菩薩峠。

11月5日早上五點左右，日本警察動員了數百名警力，包圍赤軍成員投宿的山小屋，不到一個小時就把山小屋當中的53名赤軍成員逮捕，並搜出鐵管以及香煙罐製成的土製炸彈以及登山刀。對赤軍而言，在大菩薩峠受訓的成員是赤軍的最精銳的部隊。不過這些成員才剛開始接受訓練就被警方一網打盡，結果赤軍的主力幾乎完全消滅。

那麼這些年輕人到底在想什麼呢？

其實當時遭到逮捕的赤軍成員中，很多人根本未成年。這些人只是想要改變世界，所以就到山上參加赤軍的軍事訓練。結果到了山上，才知道赤軍要襲擊首相官邸和警視廳。這些年輕人沒想到來上山接受軍事訓練的結果是要去死，在那種環境下，也沒有人敢說「我要退出」這樣的話。結果大家在沉重的氣氛中寫自己的遺書。就某種意義而言，能及時被警察逮捕，其實算是一種解脫。

當時赤軍的構想是出動精銳部隊襲擊首相官邸和警視廳，然後挾持日本首相，要求政府釋放政治犯，然後再改造世界。不過所謂的精銳部隊，其實就只是十幾二十歲的普通學生。當初赤軍計畫的軍事訓練其實只有幾天而己，內容就是教這些學生怎麼製作炸彈，怎麼丟炸彈。然後告訴這些學生日本主要政府機關的位置，要這些學生照著計畫攻擊政府機關。然後以為全日本民眾都會跟著赤軍發動革命。這就是赤軍的革命計畫及精銳部隊的實態。

大菩薩峠事件之後，日本的公安警察完全盯上了赤軍派成員。如果這些成員有任何違法的舉動，就立即逮捕。不過赤軍在訓練成員時也非常小心，他們會要求所有成員在日常生活中要表現得非常平凡，所以日本警察往往找不到正當的理由逮補赤軍成員。最後只有祭出一些平常幾乎不用的輕犯罪法，硬是把赤軍成員一一逮捕。如會赤軍成員表現出抗拒行為的話，警察就會以妨礙公務的現行犯來逮補人。這個結果就是赤軍成員很難在日本國內活動。