1960年代日本的學生運動的主旨除了反戰、反安保等政治訴求以外，也有一部分學運是為了爭取學生權益。
1960年代的日本經濟成長幅度高，東海道新幹線通車、東京舉辦奧運，國民平均所得增加。國民所得增加後，日本的家庭漸漸有能力讓子女就讀大學，所以日本的高校畢業生升大學的人變多了。
＜參考＞日本的高校生升大學的比率：
1960年：10.3%（包含升短大）
1965年：17.0%
雖然讀大學的人變多，但是當時很多大學的硬體設施沒有跟上時代。學生必須擠在破舊的大教室上課。由於學生太多，所以大部分的學生沒有機會和教授直接對談。由於大學的學習環境惡劣，所以學生非常不滿。之後，有些大學打算調漲學費，結果學生的怒火就爆發了。
1964年，慶應義塾大學的學生發動全校抗爭，抗議學費上漲。
1965年，早稻田大學的學生發動全校抗爭，抗議學費上漲，同時要求校方讓學生也能參與校舍管理。
之後，日本各地的大學陸續爆發類似的學生抗爭。在日本的學生運動史中，這些校園抗爭活動叫「學園鬥爭」或是「大學鬥爭」。
早期，這一類學生運動主要是由共產黨系的全學連主導。因為運動背景受到馬克思主義影響，所以活動用了「鬥爭」這個左翼政治詞彙。當時日共系全學連的路線就是改善學生權益。不過到了1967年，三派系全學連等激進路線的新左翼加入抗爭後，學生運動就漸漸暴力化。
（※新左翼及全學連已經在本站其他文章中介紹過，所以這裡不再重複）
1968年，各個大學內部開始成立學運組織「全學共鬥會議」（全共鬥）。
從「全共鬥」這個名稱來看，有些人可能會聯想到「全學連」。
全學連和全共鬥的差異如下：
全學連是1948年成立的學生組織。全名是【全國學生自治會連合】。是很多學校的學生自治會聯合成立的跨校際的大組織。
全共鬥是1968年成立的學生組織。全名是【全學共鬥會議】。日文的「全學」指的是某個大學的整個學校。「全學共鬥會議」是大學內部的學生社團，性質和學生自治會差不多。
（※日本的小學的正式稱呼叫作「小學校」，中學的正式稱呼叫作「中學校」，高校的正式稱呼叫作「高等學校」。這些教育機構的名稱的最後一個字都是「校」，這些機構的負責人就是「校長」。至於日本的大學的正式稱呼就是「大學」。最後一個字是「學」。所以大學的最負責人叫作「學長」。「全學共鬥會議」的「全學」就是大學版的全校。「全學共鬥會議」就是要全校的學生一起來共同鬥爭的社團。）
全共鬥最早是出現在東京大學和日本大學，然後其他學校也陸續成立自己的全共鬥會議社團。最後各個大學的全共鬥會議又聯合成立「全國全共鬥連合」這個跨校際的組織。
東大全共鬥的起因是當時的大學醫院的制度過度剝削實習醫師。當時日本的醫學生畢業後，就算醫師國家考試合格，還是拿不到執照。要先在醫院裡強制實習一年，才能拿到醫師執照。強制實習一年，如果可以學到東西就算了，不過當時很多醫院根本沒有設計培訓計畫，所以很多實習醫師學不到東西。另一方面，當時的法令認為實習醫師做的是實習，不是工作，所以醫院不用給實習醫師薪水，實習醫師當然也沒有保險。如果出狀況，實習醫師還要自己承擔責任。結果當時醫院把實習醫師當成奴隸使喚。
在同一時期，日本國會正在修法，打算把實習醫師改成登錄醫制度。當時東大的實習醫師想要藉這個機會改良制度，這些實習醫師還自己設計了培訓計畫，希望醫院能確實實施醫師培訓。不過醫學部的教授根本不理實習醫師，結果激怒了學生自治會。
1968年1月，東大醫學部的學生自治會發動抗爭，抗議醫學部教授無視改革提案，把實習醫師制度改為登錄醫制度。抗議的結果就是醫學部的教授會決議處分抗議學生，讓抗議的學生停學。
不過當時處分名單中，有一名學生根本不在場。也就是說，有無辜的學生遭到冤枉。雖然大學事後也發現處分錯誤，可是大學的態度非常強硬，拒絕撤回處分。
這個結果就是激怒了學生。學生佔據了東大的象徵建築物安田講堂。而東大校方則聯絡警察，讓警察派機動隊驅離抗爭學生。校方把警察帶進校園的結果，就是激怒了更多學生。東大的全學部的自治會決定無限期罷課，然後學生又再度佔據安田講堂，無黨派的學生成立了「東大全學共鬥會議」，和校方長期抗戰。結果安田講堂成為日本學生運動的象徵建築物。
當時佔據安田講堂的學生當中，東大學生其實是少數派，大部分的學生其實是來自其他學校。因為這些學生知道之後會被警察逮捕，所以大家只派出一小部分的人去佔據安田講堂，保留戰力去準備後續的抗爭活動。學生為了徹底罷課，把教室的課桌椅全部搬出來堆在教室或是建築物的入口。這樣可以防止不配合的人進入教室。然後學生還把學校附近人行道的地磚挖起來當成武器來對抗警察。
（※後來日本的一些學運據點大學為了防止這種問題，把學校附近的道路全部改鋪柏油路，教室全部改用固定式課桌椅。）
當時擔任「東大全學共鬥會議」議長的是東大助教山本義隆。山本義隆在當時是非常優秀的研究人員，優秀到當時有人認為日本下一個能得諾貝爾物理學獎的人可能就是山本義隆。當時山本義隆覺得自己應該為這個社會、為學生做一點事，所以就擔任東大全共鬥議長。由於學校方面的態度太強硬，所以學生打算長期抗爭。到了1969年1月，東大找了警察的機動隊驅離了佔據安田講堂的學生。東大鬥爭才結束。由於東大鬥爭問題鬧得非常大，所以山本義隆之後無法繼續留在東大，最後只能去補習班當物理講師。
日大全共鬥的起因是1968年1月有人發現日本大學的教授在招生時收賄，而且還逃稅。到了5月，東京國稅局發現日本大學的帳目中，有22億日元流向不明。有人懷疑這些錢被職員拿走，或是成為政治獻金。當時學生付了很多考試費、入學費、學費、雜費才進入大學，結果這些錢就這麼不見了，學生當然無法接受這種結果。所以日大的學生組成了「日大全學共鬥會議」，佔據教室和校方抗戰。日大方面則找了拿學校獎學金的體育系學生襲擊抗議學生，結果衝突愈來愈大。事件發展到最後，日大找了警察的機動隊驅離了學生。結束了日大鬥爭。
就現在的人的感覺回頭去看過去的這些學運事件，可能會覺得非常不可思議。因為學校處理事情時真的有很多問題，學生方面的反應也非常激烈。這是因為那個時代很多制度、做事的方法、溝通的方式不成熟，所以很容易發生衝突。在21世紀現在的日本，很多制度、做事的方法、溝通方式都比以前成熟，所以這些事情在現在的日本比較不容易發生。
根據日本警察廳的統計，在1968年時，一共有116間學校發生學生抗爭，其中31間學校完全被學生封鎖佔領。1969年時，全日本發生抗爭的學校多達173間，而完全被學生封鎖佔領的學校則多達149間。結果後來學校方面把警察帶入校園內，動用警察的力量壓制抗爭、撤除障礙物，才漸漸平息了全共鬥活動。為了防止問題再發，許多大學的課桌椅改成固定式，大學周邊的人行磚道也改成柏油路。由於這些抗爭活動是用強制手段平息下來，所以許多學生訴求並沒有解決。另一方面，由於全共鬥的活動中充滿暴力，所以造成日本社會對學生抗爭的觀感不佳。許多學生也因此漸漸遠離學運的行列。
1968年日本內閣府的民意調查結果中，當時支持學生運動的民眾只佔了0.9%而已，用理解的態度來看學生運動的民眾佔了6.2%，不支持學生運動的民眾則佔了77.8%。
另外，在民調當中，88.5%的民眾無法接受學生用暴力行為抗爭。12.3%的民眾完全支持警察進入校園，15.5%的民眾完全反對警察進入校園，49.0%的民眾認為警察進入校園是不得已的手段。
註：
1968年東京大學的學生抗爭活動主要是抗議醫學部將實習醫師制度改為登錄醫制度。不過要留意的是, 這並不代表學生或是實習醫師喜歡實習醫師制度。舊的實習醫師制度是把實習醫師當奴隸用，不過登錄醫制度也沒好到哪去。登錄醫制度是醫學部教授為了鞏固自己在各大醫院的人事權而設計出來的制度。以前日本公立醫院的人事權主要是由當地大學醫學部的教授掌控。也就是說，許多公立醫院的醫師是由當地大學醫學部教授指派赴任，而不是醫院自行招募。這些赴任的醫師當然受到大學教授控制。直到2004年，日本的新的研修醫制度生效，研修醫可自行選擇研修醫院（不限於大學醫院）後，這種由教授掌權的現象才漸漸消失。不過如果要繼續留在大學醫院當醫師的話，還是一樣會受到教授控制。大學醫院的年輕醫師在診療時間之外，必須幫教授做研究、做實驗、寫論文。
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