日本的全學連在1960年安保鬥爭失敗後，主導全學連的「共產主義者同盟」（共產同，Bund）開始開內部檢討。由於當時的學運學生的意識型態信仰非常深，檢討事情時無法妥協，最後變成思想批判，結果組織內的人際關係惡化，最後組織分裂。一開始共產同分裂成戰旗派、無產階級通信派、革命通達派。之後又分裂成十幾個小派系。
這些派系名稱怎麼來的呢？
新左翼組織的派系名稱多半是組織內同人誌的名稱。《戰旗》、《無產階級通信》、《革命通達》，全部都是共產同內部的同人誌。當然也有一些派系名稱是來自派系的特性或理念。
共產同分裂之後，「革共同」旗下的「日本馬克思主義學生同盟」(マル學同) 取得全學連的主導權。
在這個時點上，全學連內部的派系大致上可分為四派：
革共同系統的「マル學同」
共產同系統的「社會主義學生同盟」(社學同)
社會黨系統的「日本社會主義青年同盟」(社青同)
共產黨系統的「日本民主青年同盟」(民青)
由於各派系有各自的理念，所以全學連內部發生很多衝突。例如マル學同批判社學同極左，又批判民青極右。而社學同和社青同聯手對抗マル學同。民青則是自成一格，獨自以自己的方式對抗マル學同。
到了1963年，マル學同內部發生意見對立，分裂成「日本革命的共産主義者同盟革命的馬克思主義派」和「革命的共産主義者同盟全国委員會」（中核派）。
由於「日本革命的共産主義者同盟革命的馬克思主義派」的名稱太長，所以大家就把這個派系簡稱「革マル派」。至於「革命的共産主義者同盟全国委員會」則是受到蘇聯的布爾什維克思想影響，然後把俄語的「布爾什維克」（多數派）譯成「中核」，然後自稱「中核派」。
革マル派認為只靠集會遊行、罷工、暴大抗爭，無法建立前衛的革命組織，所以革マル派的目標是成立革命政黨。中核派則一直走抗爭路線，不斷讓抗爭活動擴大，主張大眾鬥爭。結果革マル派認為中核派的行動背後缺乏理論依據，中核派則覺得革マル派是觀望主義、缺乏行動力。兩者互相敵視。
本來全學連是由マル學同主導，マル學同分裂後，由於革マル派的勢力大於中核派，所以革マル派得到了全學連的主導權。革マル得到主導權之後，就開始排除日共、中核派、社學同、社青同的勢力。
1964年，日共的民青自己成立了民青系的全學連，和革マル派控制的全學連互別苗頭。
1966年，中核派、社學同、社青同組成「三派系全學連」。中核派和社學同的理念相近，社青同也覺得革マル的理念是邪道，所以這三個組織一起共組三派系全學連。
結果全學連變成三個：
革マル：最早的全學連
民青：日本共產黨
三派：中核派、社學同、社青同
從這裡可以看到，マル學同分出來的革マル派和中核派已經完全屬於不同的全學連組織。同樣是源自マル學同，但是革マル派和中核派已經彼此仇視。
在這三個全學連當中，行動力最突出的是1966年成立的三派系全學連。以往的左派學生抗爭只是罷課、罷考、或是示威遊行。不過中核派、社學同、社青同這三個新左翼組織都主張用激烈的手法擴大抗爭活動，所以三派全學連的成員是頭載安全帽，用鐵棒石頭來對抗警察。
當時正值越戰的反戰熱潮，而左派的學生團體從思想上就支持北越、討厭美軍，三派系全學連的學生到羽田機場阻止當時的日本首相佐藤榮作訪問南越，不過這個行動最後失敗。另外，由於左派學生不希望日本成為美軍的前線基地，所以三派全學連又試圖到長崎佐世保港阻止美國核子動力航空母艦企業號靠岸，不過這個行動也是以失敗收場。其他的行動還包括去阻止美軍野戰醫院的設置等，不過大部分的抗爭都是失敗收場。
1968年7月，三派全學連當中起摩擦，中核派自組全學連。社學同和解放派的全學連叫作反帝系全學連。
日本一共有四個全學連：革マル、日共、反帝、中核
1969年7月，社青同解放派從反帝全學連獨立，結果反帝全學連實質上變成社學同全學連。
結果全日本一共有五個全學連：革マル、日共、中核、解放、社學同
不過社學同全學連因為內紛的關係，三個月就分裂瓦解了。
為什麼這些學生組織這麼喜歡抗爭呢？
因為當時日本學界非常流行研究馬克思主義。馬克思的理論中提到了很多社會問題。學生也看到這種社會問題在自己的身邊發生，所以會想要改善社會。在馬克思的理論中，只有使用暴力鬥爭才能破除社會的不平等。有些人可能會無法理解這種鬥爭式的想法。其實馬克思在1848年寫《共產黨宣言》時，當時的歐洲國家的階級壓迫非常嚴重，大眾無法用和平的手段來改變社會，所以只能用暴力鬥爭來改變社會。在溝通手法還不成熟的時代，長期受到壓抑的日本的學生想到用激烈抗爭來改善現狀，其實並不奇怪。
另一方面，當時日本的左派學生也受到一些學運理論影響，所以才會發動社會抗爭。其中比較有名的理論包括層理論以及先驅性理論。
層理論認為學生層是最前衛、最有活力的族群，學生要活用自己的活力發展學運，來刺激社會。如果把學生當成單純的勞工農民的一小部分的話，會浪費學生的活力與才能。至於先驅性理論則認為學生是階級闘争的第一線，學運可以指引勞工、農民、市民鬥爭方向。
當時的日本共產黨覺得學生只是勞工運動中的一個小族群而已，不過受到層理論或是先驅性理論影響的學生，會覺得共產黨沒有珍惜學生的力量。當日共決定放棄武裝鬥爭之後，很多學生都很失望。所以學生就自己組成新的激進團體。由於新的激進團體和日共的傳統左派路線不同，所以有人就把這些新的激進團體稱作新左翼。
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