日本的外來語的書寫方式不只一種，所以同一詞彙可能有不同的書寫方式。

舉例來說，violin（小提琴）的常見寫法有「バイオリン」和「ヴァイオリン」兩種。
virus（病毒）的寫法則有「ビールス」、「ウイルス」、「ウィルス」、「バイラス」四種。

1954年，日本的國語審議會公布了外來語書寫的基準方案。方案中有19種書寫原則。例如用「バ」「ビ」「ブ」「ベ」「ボ」取代「ヴァ」「ヴィ」「ヴ」「ヴェ」「ヴォ」，英文詞尾如果是er、or、ar，就用長音記號「ー」表現等。

到了1991年，日本內閣又公布了「外来語の表記」，當作公家機關、媒體、一般社會人士書寫外來語時的參考基準。目前日本的外來語的書寫方式就是參考這個基準。

日本內閣告示的外來語書寫原則中，一般日語的清音、濁音、拗音、撥音、促音，在外來語幾乎都用得到。不過在書寫外來語時，原則上不用「ヂ」「ヅ」「ヲ」這三個音，所以外國人在學日語時看到的外來語詞彙不會出現「ヂ」「ヅ」「ヲ」這三個音。而外來語在表現長音時，會使用長音記號「ー」。

除了一般日語的清音、濁音、拗音、撥音、促音以外，外來語還會用到一般日語沒有的音。例如外來語表記的「第１表」中的「デュ」，以及「第２表」中的「テュ」「フュ」「ヴュ」等。

外來語表記的另一個特色是會用到「ァ」「ィ」「ゥ」「ェ」「ォ」這些小的片假名：

這兩個表只列出了和「ァ」「ィ」「ゥ」「ェ」「ォ」這些小字片假名相關的符號。「第１表」指的是一般外來語詞彙的符號表，「第２表」則是「想要把外來語寫得更像原文的音」時用的符號表。

雖然日本的內閣告示了這樣的書寫基準，不過這個告示中有特別強調：
科學、技術、藝術以及各種專門領域沒有義務遵照這個基準書寫。
人名、公司行號名、商品名也沒有義務要遵照這個基準書寫。
內閣公告的書寫基準完全沒有否定過去慣用的書寫法。

也就是說，「外来語の表記」的告示意義，只是讓政府機關或一般民眾在書寫外來語時能找得到依據而已。這個告示的本質只是「原則」，並非「唯一正確」或「唯一標準」。