日本人把護照稱作「旅券」，而日本的護照封面則寫有「日本国旅券」的字樣。日本的護照的外皮一般分為藍色 (有效期限5年) 和紅色 (有效期眼10年) 兩種。另外還有公務用護照 (外皮為綠色) 和外交護照 (外皮為褐色)。

紅色外皮的日本護照 (有效期限10年)

在欄位方面，台灣人所使用的護照和日本人所使用的護照的欄位大致上的比較如下：

由這個表可知，台灣的護照上的姓名是用一個欄位，而日本的護照則是分成兩個欄位。而台灣的護照上有所謂的「外文別名」，日本的護照上則沒有類似性質的欄位。另外，由於日本沒有身分證制度，因此也就沒有類似台灣護照上的「身分證統一編號」欄。日本的護照上有台灣護照上所沒有的「本籍」欄，而台灣的護照上則有日本沒有的「出生地」欄。

在沒有身分證制度的日本，護照也可以當成一種身分證明文件。然而，由於護照是一種非常重要的證件，如果遺失的話可能會引發非常大的問題 (特別是日本護照在國際上是一種非常方便的通行證，如果落入犯罪者手中，可能會引發國際問題)，因此一般日本人就算有護照，也不會把護照當成日常生活中的身分證明文件用。

註：
日本從2006年3月20日開始導入晶片型護照，護照上的晶片中收錄了持有者的個人資料及照片，一方面是為了防止偽造，另一方面則是因為美國政府要求赴美免簽證的國家要在2006年10月26日之前導入晶片型護照，如果到期之後仍發行無晶片的護照的話，將無法享有免簽證待遇，即新的植入晶片的護照是為了美國而發行。再加上日本的入國管理局於2007年11月開始使用的外國人指紋登錄系統是直接由美國公司所提供，這意味著今後出入日本的日本人以及外國人的個人資料 (包括生物資料) 均可能直接受到美國情治單位的蒐集與監視。