在日本，研究姓氏非常不容易，因為日本沒有完整的全國姓氏統計資料。
日本雖然有戶籍制度，但是管理戶籍的單位是市區町村等基層自治體，每個市區町村只有自己居民的戶籍資料而已，而且市區町村不能擅自公布民眾的資料，所以日本的姓氏研究沒有100%完整的樣本。結果在日本研究姓氏的人大多只能參考電話簿。
電話簿裡面的人名多，樣本大的話，研究的精度就會變高，似乎很理想。但是電話簿並不是理想的姓氏資料庫。因為電話簿裡面只有文字而已。
在日本的姓當中，不同的姓的文字可能一樣。例如「ナカシマ」和「カナジマ」這兩個姓可能都是寫作「中島」。看電話簿的人，頂多只能猜測排在前面的人的姓可能是「ナカシマ」，而列在後段的姓可能是「カナジマ」，但是沒人知道「ナカシマ」和「カナジマ」的分界點在哪裡。用電話簿來統計姓氏，沒有辦法計算這個部分的數據。
除了同字異音的問題之外，近年來由於手機的普及，有些民眾因為有手機，所以就不申請室內電話。因為沒有室內電話，所以這些人的姓名就不會出現在電話簿中。另外，重視隱私的民眾可以要求電話公司不要把自己的資料列在電話簿上。所以電話簿並不是完整的資料庫。結果日本的姓氏研究往往還要借重一些統計學的方法來推論出姓氏總數。
在計算姓日本的氏總數時，還要考慮的是姓氏的變化的問題。日本人結婚時要改姓，從日本的結婚統計來看，大約每年有四十萬人改姓。而如果改姓的人的舊姓是稀少姓氏的話，結婚可能就會造成稀少姓氏減少。在少子化的時代，稀少姓氏很有可能消滅。
結婚和少子化可能會讓稀少姓氏消滅，但是現行的日本社會制度下也有機會造出新的姓氏。
例如外國人歸化日本籍時就可能出現新姓。在早期，外國人歸化日本國籍時，必須把姓名改成日本式的姓名。其實這一點也不奇怪，外國人要歸化台灣國籍時，也必須把姓名改成華人風格的姓名。近幾年，日本的姓名制度漸漸鬆綁，外國人在歸化日本國籍時，可以自己設計新姓名，所以日本會出現異國特色的姓氏。
近幾年，每年大約有一萬多名外國人歸化成日本國籍，這些歸化日本國籍的人當中，九成以上是來自漢字文化圈（主要是朝鮮半島出身的人或是華人），這些人的姓氏本就就是漢字姓氏。由於日本的姓氏制度鬆綁，所以這些人在歸化日本籍時，「有可能」保留住原有的姓名。不過大前提是原有的姓名的文字部分完全屬於日本的常用漢字才行。移民國外的日裔人士如果重新歸化日本籍時，也一樣也會受到這種限制。沒有任何特權。假設某個日裔人士的祖先姓「澤村」，祖先移民到外國後，可能會把姓改成「Sawamura」。這些人的後代如果再歸化成日本籍時，就不能使用「澤村」，而是要使用「沢村」。因為「澤」不是常用漢字。儘管日本國內住著一堆姓「澤村」的人，但是改姓時必須使用常用漢字的姓。目前日本並沒有法律規定改名時一定要使用常用漢字，不過行政上的不成文解釋是朝這個方向進行。
另外，現在國際交流的機會變多了，所以日本人和外國人結婚的機會也變多了。日本人和外國人結婚時，如果日本人願意改姓的話，也有可能出現新的日本姓氏。