日本最早的國旗是1870年2月由行政命令公告的「商船國旗」。由於當時由於日本還沒有憲法,而當時的「商船國旗」的規定也不是由法律的形式,而是屬於「郵船商船規則」的條文,而當時的「商船國旗」就是一種「日章旗」(尺寸和現在的「日章旗」略有不同)。
同年4月,日本政府決定讓軍隊也有國旗,兩個月後,日本的陸軍國旗制定完成,當時叫作「陸軍御國旗」。「陸軍御國旗」是樣式名稱是「十六条旭日旗」(じゅうろくじょうきょくじつき),「日章」的周圍有十六道紅色光芒。同年10月,日本的「海軍御國旗」也制定完成。「海軍御國旗」則「商船國旗」一樣都是「日章旗」。
「十六条旭日旗」本來是日本陸軍的國旗,不過這個國旗用了幾年之後,就變成日本軍旗 (尺寸略有變化)。到了1879年,由於軍旗制度的建立,「陸軍御國旗」正式廢止,「旭日旗」就成為日本軍旗的代表。到了1889年,日本的海軍把「旭日旗」定為軍艦旗。現在的「十六条旭日旗」是日本的海上自衛隊的「自衛艦旗」,立在艦尾。
在一些國家的法律中,侮辱或毀損國旗是違法行為。例如中華民國刑法就有關於侮辱中華民國國旗或外國國旗的刑罰規定。日本的刑法也有規定毀損國旗方面的刑罰,不過僅限於外國國旗而已。也就是說,在日本毀損日本國旗並不會受到處罰,不過在日本毀損其他國家的國旗則可能會受到處罰。
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日本損毀自家國旗無罪..那麼有人曾經這麼做嗎?