日本的「來日外國人犯罪」中，被逮捕的外國人中，非法居留者幾乎佔了一半以上。而過去日本的媒體曾經跟著日本警察追蹤報導過不少揭發非法居留者的事件，因此日本民眾的印象中，非法居留的外國人是造成治安惡化問題的原因之一。再加上日本的媒體報導外國人犯罪件數增加，對於一些閱聽人而言，甚至可能產生非法居留外國人增加的錯覺。事實上，在日本非法居留外國人的人數已經12年沒有增加過了。
最近10年間日本非法居留外國人人數
最近10年間，來日外國人中每1000人中，非法居留者比率
兩個統計圖中，雖然數據都是減少，但是兩者的意義是不同的。以「最近10年間日本非法居留外國人人數」這個圖為例，我們只能看出非法居留人數而已。但是從「來日外國人中每1000人中，非法居留者比率」中，我們可以知道近10年到日本的外國人中，成為非法居留者的比率愈來愈少。這意味著日本的入國審查機制發揮了相當的作用。
在日本，非法居留外國人大量增加的時代大約是1990～1992年左右。1993年時，日本的非法居留外國人數雖然還是增加，但是增加幅度已經明顯較1990～1992年為少，而從1994年開始，在日本非法居留的外國人的人數每年都在減少。而根據2005年年底的統計資料，在這12年間，日本的非法居留外國人已經減少了1/3。
最近16年間日本非法居留外國人人數 (僅列出人數較多的國家)
圖例中的國家由上至下為：韓國、菲律賓、中國、泰國、馬來西亞、台灣、秘魯
圖中有兩個1996年，一個為年中統計，一個為年末統計
由「最近16年間日本非法居留外國人人數」的統計圖可以看出在日本非法居留的韓國人、菲律賓人、中國人、泰國人、馬來西亞人、台灣人、秘魯人在這16年間的人數變化。1990～1992年間日本非法居留者暴增的主要因素為韓國人、菲律賓人、中國人、泰國人、馬來西亞人增多，其中以泰國人和馬來西亞人在這幾年間增加最多。之後泰國人和馬來西亞人開始減少，減少的原因不外乎就是警察開始取締，此外，1993年開始，日本的入國管理局對於沒有事先取得日本簽證的馬來西亞人的入國進行嚴格審查也多少有些作用。而1996年之後，日本的非法居留外國人中是以韓國人最多 (到目前為止，日本的非法居留者中，韓國人仍然是最多的)，而菲律賓人和中國人則分別位於第二、第三位。2001年之後，非法居留的中國人又有所增加，不過2003年後又開始減少。至於在日本非法居留的台灣人人數，在這16年間的變化量均不如其它六個國家，在排名上大約是在第六、第七位。
一般而言，非法居留者通常都是拿「短期滞在」(短期居留) 簽證進入日本 (台灣人及韓國人均屬於這種類型)。而比較特別的是在日本非法居留的中國大陸人中，有不少是拿「留学」或是「就学」簽證進入日本的，這個意義是在於：中國大陸的人並不像台灣人或是韓國人一樣，可以簡單地取得「短期滞在」的簽證後進入日本，而過去日本政府對於來自中國大陸的留學生或是就學生的審查也不夠嚴格，因此產生了漏洞。但是由最近兩年的統計來看，中國大陸赴日的留學生仍然在增加中，而且中國大陸的民眾赴日觀光的機會也增加，而非法居留人數卻已經減少，這意味著日本的入國審查機制已經改進了過去的一些缺失。
至於持「留学」或是「就学」簽證進入日本後於日本非法居留的台灣人，分別只有7人和9人 (2005年)，在六千多個非法居留在日本的台灣人中，這樣的數字算是相當少的。而這意味著持「留学」或是「就学」簽證進入日本的台灣人通常沒有要非法留在日本生活的動機。