古代日本的忍者集團很多，其中最有名的兩個流派是伊賀流忍者及甲賀流忍者，而這兩個流派在後來也成為許多小說的題材，甚至拍成電影及電視劇。

現實中的伊賀忍者，原來是在奈良東大寺的私有地 (三重伊賀地區) 種田伐木的居民。他們平常的生活就是幫東大寺伐木種田。由於當時開墾新田可以免除一些稅賦或勞役，而且開墾的土地會變成自己的私有地，因此各地土豪都藉此擴張自己的勢力範圍。之後些民眾的力量愈來愈強大，而東大寺對莊園的控制力也愈來愈弱，然後這些民眾就開始不繳年貢，甚至奪取別人的土地資源, 因此他們得到了「惡黨」的稱號。在朝廷和幕府的權力鬥爭中，這些民眾還曾經協助後醍醐天皇對抗幕府軍隊，以游擊戰法立下許多戰功，這些人就是所謂的「伊賀者」(いがもの) 的前身。

到了日本戰國時代，伊賀忍者曾經打敗過織田信雄 (織田信長的兒子) 的軍隊，這也引起織田信長對伊賀忍者的警戒。後來織田信長派出大軍包圍伊賀，下令殺光所有伊賀忍者。而伊賀忍者為了逃離織田信長的追殺，四散到日本全國各地，成為各國諸侯的密探。

甲賀忍者方面，實際上的甲賀忍者是源自於日本滋賀縣甲賀地區古代山中的修驗道的「山伏」。這些人在修練的過程中為了鍛鍊體力以及精神力，因而發展出了獨特的武術、醫術以及催眠術，同時也發展出了一些日本的天狗傳說(參考： 日本的天狗與猿田彦 )，而忍者小說或是忍者的動漫畫中的結印或是咒文，則是小說或是動漫畫作者為了增添忍者的神祕感，因而把修驗道的宗教儀式加諸在忍者身上。之後，有一部分的修道者在甲賀地區定居下來後，就成為「甲賀者」(こうがもの) 的前身。

後來幕府軍在討伐當地諸侯時，這些「甲賀者」用了許多游擊戰術立下戰功。因此「甲賀者」也就名正言順地成為當地諸侯的諜報部隊。

在小說中，伊賀忍者和甲賀忍者常常被描述成敵對的陣營，然而實際上，兩個陣營並沒有特別的敵對關係，甚至在歷史上還曾經合作過。例如織田信雄和織田信長的軍隊進攻伊賀時，甲賀忍者就曾經支援過伊賀忍者。而伊賀甲賀最有名的合作的例子就是德川家康的「伊賀越え」事件：

1582年時，德川家康被盟友織田信長邀到關西作客，而來自東海地方的德川家康也順便趁機會進行關西旅遊。結果織田信長突然毫無預警遭到部下明智光秀派兵包圍，最後自殺身亡。由於當時德川家康身邊只帶了三十幾個人，無法幫織田信長報仇，當然也沒有能力對抗明智光秀的大軍。因此德川家康決定先逃回自己的東海領地。然而，由於織田信長死後局勢混亂，本來安全的路線也變得非常危險，德川家康身邊的武士中，還有人因為逃得慢而被暴民殺死。在危急存亡之時，德川家康的手下伊賀上忍服部正成率領自己手下的伊賀忍者，並和甲賀忍者聯手暗中幫德川家康一行人開路，途中行經伊賀國時，服部正成和伊賀當地的有力人士交涉，以保德川家康能安全通過伊賀國，最後德川家康終於平安無事回到自己的東海領地內。而「伊賀越え」也就成為伊賀忍者和甲賀忍者聯手合作的著名事件。

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日本的忍者 (1)